1822年（清道光二年），为了科举兴县，知县华凤喈率领儒生共同捐资，在县城北马陵山麓（今马陵中学址）修建钟吾书院。据史料记载，书院“全部门庭斋舍，皆整齐对称，厅堂宽敞，阁楼巍峨”。“与水不争能，力尽八年能注海；开堂思肯构，目穷千里更登台”楹联高悬讲堂，书院门槛亦有一副对联：“岱为四岳之宗，自梁父云亭以来，经凫绎龟蒙，磅礴马陵冈上，秀挻三台，应放登山眼孔；河乃百川并灌，同昆仑积石而下，合汴沂淮泗，逶迤宿豫边城，澜回九曲，宜寻学海心源。”确有肃肃穆穆，屏净浮华之气象。在当时，不但经画规条，甲于一省，建筑上也为远近所推崇。
随着维新运动的兴起，戊戌新政的颁布，林士菁，清光绪年间宿迁知县，为顺应近代废科举、兴学堂的趋势，率先于光绪二十九年（1903年）改钟吾书院为钟吾学堂（清政府1905年颁旨废科举兴学堂，钟吾学堂是宿迁最早的一所近代小学），并亲笔题写堂名，旧式教育遂为新兴的学堂教育所取代，开宿迁近代教育的先河，邑北举人卢瀚荫为学堂首任堂长。
校名 | 起止年月 | 校长 |
钟吾书院 | 清道光二年至光绪二十九年（公元1882-1903） |
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钟吾学堂 | 光绪二十九年至光绪三十四年（1903-1908） | 卢瀚荫（1905-） |
张怡然（） | ||
宿迁县立钟吾高等小学 | 光绪三十四年至民国元年（1908-1912） |
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宿迁县立第一高等小学 | 民国元年至二十一年（1912-1932） | 沈薪萍（1912年-1920.2） |
张啸雯（1920.2-1922.2） | ||
刘子振（1922.2-1925.2） | ||
私立怀仁中学 | 民国十一年至十二年（1922-1923） | 张树桐（1922-1929） |
宿迁县立初级中学 | 民国十二年至十八年（1923-1929） | |
国立中央大学区立宿迁中学 | 民国十六年至十七年（1927-1928） | 周宣德（1927-1928） |
宿迁县立师范学校 | 民国十七年至二十二年（1929-1933） | 张怀铎（1929.10-1933） |
宿迁县立初级中学 | 民国二十二年至二十七年（1933-1938） | 张天麟（1933-1938） |
宿迁县钟吾小学 | 民国二十一年至二十七年（1932-1938） |
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宿迁县钟吾小学 | 民国三十五年至三十六年（1946-1947） | 耿绣章（1946-1947） |
宿迁县马陵小学 | 民国三十六年至三十七年（1947-1948） | 蔡先兰（1947-1948） |
宿迁县立初级中学 | 民国三十五年至三十七年（1946-1948） | 陈耀洲 |
宿迁县小学教育师资短训班 | 1952.4-1952.9 | 沈凌霄（副主任主持工作） |
宿迁县初级师范学校 | 1952.9-1956.7 | 徐玉玲（文教科长兼）（1952.9-1954.11） |
左言清（1954.11-1956.7） | ||
宿迁县马陵初级中学 | 1956.7-1974.7 | 沈凌霄（1956.9-1964.6） |
徐风（1964.7-1969.6） | ||
戚明（1968.9-1969.7） | ||
谢诚（1969.7-1974.7） | ||
宿迁县马陵中学 | 1974.8-1988.2 | 刘继銮（1974.8-1979.8） |
靳绍寅（1979.8-1980.8） | ||
张清言（1980.8-1982.8） | ||
杜永猛（1980.8-1988.2） | ||
宿迁市马陵中学 | 1988.2-1996.7 | 杜永猛（1982.2-1994.8） |
宿豫县马陵中学 | 1996.7-1996.9 | 钱其强（1995.9-1999.7） |
宿迁市宿城区马陵中学 | 1996.10-2000.4 | 钱其强（1996.10-1999.7） |
陈迅（1999.8-2000.4） | ||
江苏省宿迁市马陵中学 | 2000.4至今 | 陈迅（2000.4-2006.8） |
宋志平（2006.9-2015.8） | ||
王丽梅（2015.8- 2021.7） | ||
宋志平（2021.8至今） |
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